Me shtimin e nxënësve që mbaronin shkollën 8-vjeçare dhe dëshironin të ndiqnin shkollën e mesme, në shtator të vitit 1959, në ndërtesën shtesë dykatëshe të shkollës unike, filluan mësimet dy paralele me mbi gjashtëdhjetë nxënës të klasës së parë të shkollës së mesme të përgjithshme. Kjo shkollë u hap relativisht me vonesë, pasi nxënësit e qytetit tonë nuk e kishin shumë të vështirë të vazhdonin shkollat e mesme në Durrës e në Tiranë. Shkolla u quajt fillimisht 11-vjeçare (7+4) dhe drejtor i ri, në krye të shkollës u vendos Burhan Hoti, ndërsa nëndrejtorë ishin Shefqet Demiri e Hyqmet Kalleshi. Pra, shkonim drejt çeljes së gjimnazit. Bazë e këtij gjimnazi qenë tri klasat e shtata të vitit 1958-1959 si dhe nxënës të shkollave 7-vjeçare të fshatrave Xhafzote, Sallmone, Rreth, Ardhishtë, Shetel, Shtrazë, Koxhas, Maminas, Manzë, katundi Sukth e ferma e Sukthit. Shkolla u çel në prag të 15-vjetorit të çlirimt të atdheut. Me largimin e Burhan Hotit nga Shijaku, në vitin 1962, drejtor u emërua Hyqmet Kalleshi, me nëndrejtorë Shefqet Demiri dhe Zeqir Xheraj.
Në qershor të vitit 1963, nga kjo shkollë dolën njëzet e dy maturantët e parë, që në një shkrim të botuar në gazetën “Zëri i Rinisë”, mësuesi i letërsisë së gjimnazit, Ylli Radovicka, i quajti “dallëndyshet e para”. Po këtë vit, gjimnazit iu dhurua ndërtesa e re me njëmbëdhjetë klasa, plot ajër e dritë, me anekset përkatëse. Kjo godinë e re u ngrit përballë shkollës së parë unike, si vazhdim i shtesës në formën e shkronjës “L”, duke formuar kështu germën “U”. Ajo kishte një oborr të madh dhe u pajis me laboratorë modernë të fizikës e të kimisë. Në vitin 1965, drejtor i 11-vjeçares, pasi ende quhej e tillë, u emërua Niko Deda dhe nëndrejtorë Shefqet Demiri e Ali Xheraj. Në vitin shkollor 1966-1967, gjimnazi ndahet me drejtori më vete, ku emërohet drejtor Muhamed Bërdyna dhe nëndrejtor Niko Deda. Po këtë vit, shkollës i jepet emri “16 Shtatori”, në kujtim të ditës së mbajtjes së konferencës së Pezës, më 16 shtator 1942. Një ngjarje e shënuar e këtij viti qe dhe pjesëmarrja e nxënësve në aksionin e rinisë për ndërtimin e hekurudhës Rrogozhinë-Fier, ku brigada vullnetare “16 Shtatori” e kësaj shkolle shpallet “brigadë sulmuese”.
Në vitin 1968, për herë të parë, në gjimnazin e qytetit futet gjuha angleze, të cilën e jep mësuesja Durrije Faja (Shtraza), pasi kishte kryer studimet e larta në universitetin e Tiranës, në fakultetin e filologjisë për gjuhën angleze. Fillimisht ajo qe emëruar punonjëse në Radio-Tirana. Zyshë Durrija është e para mësuese e gjuhës angleze në Shijak, madje ndër të parat dhe në shkallë rrethi. Si të gjitha shkollat e mesme të rrethit, edhe gjimnazi i Shijakut ka qenë përfshirë në shumë aksione e nisma të kohës, për sigurimin e bazës materialo-didaktike të laboratorëve, organizimin e mjedisit, eksperimentimeve studimore, sesioneve shkencore në rang shkolle, zone e rrethi, për të cilat dhe është nderuar me “urdhërin e punës” të klasit të tretë më 1968, ndërsa në shkurt të vitit 1975, organizata e rinisë së shkollës dekorohet me “urdhërin për shërbime të shquara shtetërore dhe shoqërore” të klasit të tretë. Në vitin shkollor 1970-1971, në shkollën e mesme të përgjithshme hapet dhe paraleli i parë i agronomisë me dhe pa shkëputje nga puna, me profilet; mekanik, ekonomik dhe agronomi. Të dy shkollat, si ajo me shkëputje dhe ajo pa shkëputje nga puna, kishin një drejtor të përbashkët, që kryesisht ishte një nga zëvendës drejtorët e shkollës.
Në maj të vitit 1983 u përurua ndërtesa e re trikatëshe, me ambiente komode, me një oborr të madh e të bukur, pranë të cilit qe dhe aneksi i parkut sportiv. Nxënës dhe mësues punuan me përkushtim për plotësimin dhe pasurimin e kabineteve mësimore me bazë materiale didaktike. Me këtë rast, në një nga klasat e shkollës u përurua muzeu i gjimnazit, ku pasqyrohej tërë rruga e zhvillimit 24-vjeçar të tij, me përpjekjet e mësuesve dhe të nxënësve drejt arritjeve të suksesshme, në luftë me problemet e mprehta të proçesit të mësimit dhe edukimit. Përurimi i shkollës së re përkoi me 20-vjetorin e maturës së parë, asaj të vitit 1963, ndaj dhe ajo ditë maji u kthye në një festë madhështore. Gjimnazistët e Shijakut kanë qenë me qindra (me dhe pa shkëputje nga puna), që pasi kanë ndjekur studimet e larta në fakultete të ndryshme të universitetit të Tiranës, institutit pedagogjik të Shkodrës e Elbasanit, kanë shërbyer në të katër anët e atdheut si mësues, agronomë, inxhinierë, mjekë, arkitektë, juristë, ekonomistë e në shumë profesione të tjera, duke dhënë kontributin e tyre të shquar në fushën e ekonomisë, të kulturës, shkencës e artit.